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人类心脏发育的空间细胞图谱绘制成功 样本有限不再是基因研究障碍
2020-02-07 15:55 前瞻网   

 

近些年,单细胞RNA测序(scRNA-seq)引起科学家和资助机构的极大兴趣。它可以将组织分解成成百上千个独立的细胞,对每个细胞进行分析以确定其基因表达谱,极大满足了人类了解自身的好奇心。

不过,由于组织分离机制打破了单个细胞与它们在组织中的原始位置之间的联系,在此之前,人们一直无法获知每个细胞在原始组织中位置的信息。而在近期发表于《自然》《细胞》等期刊的文章中,科学家们采用多种方法,在这方面取得了重大突破。

最新的成果是通过空间转录组技术,将已有的3种基因表达谱分析方法结合起来。科学家通过组织切片包含的核酸探针与信使RNA结合,赋予细胞一个“条形码”。每个贴片都有不同的条形码,当每个区域的mRNA被测序后,条形码就成为细胞在组织中原始位置的记录。这种方法的一个局限性是单细胞分析受到损害。尽管如此,该方法还是得到了离散位置上基因表达谱的无偏描述。

他们创建了一个由69个ISS探针组成的小组,使用最新开发的算法,将ISS屏幕产生的数据与scRNA-seq数据结合起来,该算法将ISS检测到的每个RNA分子分配给一个特定的细胞核,每个细胞核分配给一个特定的细胞类型。最终的结果是第一个人类胚胎心脏在发育6.5到7周之间的时空细胞图谱。

该实验的最大意义在于,它突破了样本有限这一人类生物学研究的客观障碍,提供了一个最大化scRNA-seq功能的框架。

参考文献:

[1] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31604266?dopt=Abstract

[2] https://science.sciencemag.org/content/365/6460/1401#login-pane

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责任编辑: 3976DBC

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